這則公告的核心，是把「交易賺多少」與「可扣除多少土地漲價」分開計算。營利事業出售適用房地合一稅2.0的土地，先以出售收入扣除成本、費用或損失，算出交易所得；再依土地稅法規定，以公告土地現值與前次移轉現值的差額，扣除土地漲價總數額。兩個步驟看似接近，但使用的計算基礎不同，不能把出售價格所申報的移轉現值，直接當成所得稅可扣除的土地漲價數額。
這樣設計的理由，在於土地增值稅與所得稅雖都涉及土地交易，卻不是同一套扣除規則。若可任意用較高的申報移轉現值擴大扣除，就可能使課稅所得被壓低。制度因此明定可扣除數額須依公告土地現值計算，同時也保留調整：已繳的土地增值稅中，未能自交易所得扣除的部分，可列為成本費用。這反映的取捨是，防止重複或過度扣除，但也避免同一筆必要稅負完全無法反映在成本中。
對企業而言，最需要注意的是申報資料的計算邏輯是否一致。出售價格、交易成本、土地增值稅，以及依公告土地現值計算的土地漲價總數額，都要分別確認來源與用途。若誤把實際出售價格當作可扣除基礎，可能遭調整所得並補稅；反過來說，若扣除後為負數，課稅所得以零計算，也不會因此形成負的課稅所得。