金門水頭港新建大型旅客服務中心是為了提升小三通服務品質而建，主要功能包括：
1. **提升通關效率**：透過更寬敞的空間與優化的人流動線規劃，有效緩解春節期間的旅客擁擠問題。
2. **整合CIQS服務**：將海關、移民、檢疫、安檢等單位集中於現代化設施內，提供一站式的通關服務。
3. **提升服務品質**：提供更舒適的候船與通關環境，讓旅客在往返兩岸時能享有更便捷、安全的體驗。
4. **應對高峰需求**：該中心是應對未來小三通旅客量成長的重要硬體設施，特別是在農曆春節等返鄉高峰期發揮關鍵作用。