在小三通國境管理中，海巡署與移民署國境事務大隊扮演關鍵的合作夥伴角色，主要分工如下：
1. **移民署國境事務大隊**：負責旅客的證照查驗、入出境許可審核及國境安全管理，確保旅客身分合法。
2. **海巡署**：負責港口安全維護、邊境巡防及安檢工作，防止非法入出境及違禁品走私。
3. **協作機制**：兩單位長期並肩合作，透過CIQS（海關、移民、檢疫、安檢）跨機關協調機制，共同守護國境大門，確保春節期間國境安全無虞。