這項規定代表，符合資格的臺灣地區人民如取得大陸地區來源所得，不能只看所得是否已在當地繳稅，仍須把這筆所得併入臺灣綜合所得稅申報。制度並非單純要求多繳一次稅，而是先依臺灣規則計算整體應納稅額，再容許扣抵已在大陸繳納的所得稅。換言之，申報義務與稅額扣抵是兩件必須同時處理的事：有申報，才能正確計算可扣抵額；有完稅證明，才能主張扣抵。
扣抵上限設為「大陸已納稅額」與「因加計該筆所得而增加的臺灣應納稅額」兩者較低者，反映的設計邏輯是避免同一筆所得重複課稅，但也不讓境外已繳稅額超過這筆所得在臺灣增加的稅負。以公告案例而言，增加的臺灣應納稅額為60萬元，雖然大陸已繳50萬元，便可全額扣抵50萬元；若已繳稅額高於60萬元，最高仍只能扣抵60萬元。這使扣抵回到處理同一筆所得稅負的範圍，而非成為抵減其他臺灣稅負的工具。
一般人最該注意三件事：第一，只要取得相關所得，就要納入結算申報，不宜因已在大陸繳稅而漏報；第二，應保留大陸地區完納所得稅證明，以備申報扣抵及查核；第三，扣抵不是直接以已繳金額全數計入，必須比較加計所得前後的臺灣應納稅額。赴陸受僱、投資或有其他所得者，及早整理所得與完稅資料，能降低錯報後補稅及處罰的風險。