公司虧損扣抵制度的基本邏輯是讓企業跨年度平衡損益，避免單年虧損導致重稅負擔。但這則公告指出了一個容易被忽略的細節：虧損年度若有免稅或免納稅所得，那些免稅所得必須先行抵減虧損，才能保留剩餘虧損供未來年度使用。這不是在懲罰企業，而是防止稅優政策重複疊加產生漏洞。
舉例來說，甲公司某年虧損2,000萬但同時領取300萬政府疫情補助（免稅），制度規設就是：先用這300萬免稅所得去抵減虧損，只剩1,700萬虧損可保留。如果公司沒有做這個抵減動作，就等於讓300萬同時享受了「免稅」和「扣抵虧損」兩種優惠，這會形成不必要的稅收流失。所以這個設計是在不同的稅優工具之間設置優先順序，避免政策疊效。
實務上企業需要注意的是：不只政府補助，還包括投資收益等多種免稅所得都要列入檢視。這類錯誤通常不會被主動發現，而是等到國稅局查帳才補徵，還要加計利息。所以在申報虧損扣抵前，企業應該完整盤點虧損年度的各項免稅收入，與稅務人員確認，避免事後補稅的成本。