這項提醒的核心，不是把原本免稅的所得改成課稅，而是要求投資公司先完整呈現收入，再依規定計算哪些成本、費用與利息支出應由免稅所得分攤。出售證券收入與投資收益必須全額列為營業收入，不能直接以扣除成本後的淨額申報；符合規定的證券交易所得或轉投資收益，則要在扣除應分攤支出後，才以淨額列入相應免稅欄位。
這樣設計的制度邏輯，是避免收入與成本被用不同口徑處理。若企業只申報淨額、漏列股利，或將本應由免稅收入負擔的費用都留在課稅所得中扣除，就會使免稅所得被高估、課稅所得被低估。先全額列收入、再分攤共同成本，雖然申報較繁複，但能讓全年損益與免稅項目的計算基礎更清楚。
一般投資人要注意，這是針對以投資有價證券為業的營利事業，不是個人投資申報規則。對投資公司或控股公司而言，重點是保留出售證券、股利收益、營業費用及利息支出的完整資料，並核對第99欄與第58欄的填報。案例顯示，申報口徑錯誤可能導致所得額被調整、補徵稅額；因此，免稅項目愈多，愈不能忽略相關成本分攤。