這項制度代表的，不只是符合投資條件就能減稅，而是「實質資格」與「行政程序」必須同時完成。營利事業股東以現金原始認股或應募生技醫藥公司股票、成為記名股東並持有滿3年後，才可能取得投資抵減；但證明書的申請人是生技醫藥公司，且必須在繳足股款滿3年次年1月底前提出。若公司錯過期限，即使股東已符合持股條件，也可能無法使用優惠。
這樣的設計有幾個邏輯。持股滿3年，反映政策希望鼓勵的是較具持續性的資金投入；抵減以股票價款20%為限、每年又不得超過當年度應納營所稅50%，則是在提供誘因與維持稅負之間設定界線。另規定同一筆認股或應募金額不得重複適用其他免稅或投資抵減，也是在避免同一投資取得重複優惠。
一般企業最該注意的是，這不是股東單方面可以完成的權利。投資前應確認是否屬原始認股或應募、是否以現金繳款，以及公司是否未就同一筆金額申請其他優惠；持股期間則應保留繳款與記名股東等資料。更重要的是，股東與公司都要共同管理申請時程，因為逾期不受理的結果，會讓原本可能適用的租稅優惠失去實現機會。