這項提醒的核心，是把「避免重複課稅」和「為未申請優惠買單」區分開來。台灣總機構的營利事業須合併申報境內外所得，因此境外已繳所得稅原則上可在法定限額內扣抵台灣營所稅。但當所得來源國與台灣已有所得稅協定，且協定明定免稅或稅率上限時，企業本來就有一條在來源國減免稅負的制度途徑。若沒有先使用這項途徑而多繳稅，超出協定保障範圍的部分，不能再拿來扣抵台灣稅額。
這樣的設計，並不是否定境外稅額扣抵，而是要求扣抵制度處理真正無法避免的重複課稅，而非補貼可經由協定程序避免的額外負擔。換句話說，協定優惠與境外稅額扣抵是有先後關係的：先在來源國依協定確認應納稅額，再就實際、合規繳納的稅額，在台灣法定限額內申報扣抵。如此也能避免企業因程序未完成，將多繳的外國稅負轉為台灣可扣抵的稅額。
一般企業尤其取得股利、利息、權利金，或其他可能適用協定免稅、減稅或上限稅率所得時，不能只注意「已繳多少稅」，還要先確認來源國是否為協定國，以及是否已申請協定待遇。若未申請而溢繳，國稅局查核時可能調減扣抵額並補稅。對企業而言，這不只是申報階段的計算問題，更是取得境外所得時就應及早處理的程序問題。