這項規定的核心很清楚：政府可以用補助與租稅抵減鼓勵研發，但同一筆研發成本的優惠基礎，應以企業實際自行負擔的部分為限。企業取得同一研發計畫的政府補助後，補助金額必須先從研發支出中扣除，再計算投資抵減。以案例而言，1,000萬元支出獲得200萬元補助，可計算抵減的基礎便是800萬元，而不是原來的1,000萬元。
這樣設計不是否定政府補助的效果，而是在區分兩種支持工具的範圍。補助已經降低企業為該項研發實際承擔的成本；若該筆補助又同時完整納入稅額抵減基礎，就會讓同一支出重複享有優惠。將抵減限於自付成本，一方面仍保留企業投入研發的誘因，另一方面也讓優惠計算有一致標準，避免不同企業因申報方式不同而產生不公平結果。
企業實務上要特別注意，判斷重點是「同一研發計畫」是否取得政府補助，而不只是補助款在帳上如何列示。即使補助款已列為其他收入，申報投資抵減時仍須另行自研發支出扣除。未依規定處理，可能遭調整補稅並加計利息。對一般民眾與投資人來說，這也提醒我們：研發租稅優惠並非對企業支出的全面折扣，而是針對符合規定、且由企業實際負擔的研發成本所提供的政策支持。