這項規定的核心，不是法院拍定取得的房地有特殊優惠或處罰，而是只要屬於新制適用範圍，企業日後出售時，房地交易損益就要和一般營業所得分開處理。獲利時，依持有期間計算應納稅額並併入營所稅申報；虧損時，則不能拿來扣減公司其他業務所產生的課稅所得。換句話說，房地交易在稅務上被視為一個必須獨立核算的項目。
這樣設計的邏輯，是讓房地交易的稅負結果留在同一套計算架構中，避免企業以單一房地處分損失抵減其他營業活動所得。制度的取捨在於，企業不能把所有收入與損失任意混合計算；相對地，也能使房地交易的成本、收益與稅額更清楚對應，降低申報分類模糊所造成的爭議。
一般企業尤其是參與法拍標購、持有或處分不動產者，要注意「取得時間、適用制度、損益歸類」三件事。不能因為房地是經法院拍定取得，就忽略其後出售仍可能適用房地合一規定。帳務與報稅時，應先把房地交易損益獨立辨認，再處理一般營利所得；若把交易損失直接扣抵其他所得，即使只是分類錯誤，也可能被調增課稅所得並補徵稅款。