這項規定的核心，是把營利事業每一筆房地交易的損益，放回各自適用的持有期間稅率架構中處理。企業出售多筆房地時，可能同時有獲利與虧損；虧損不是直接任意沖減全部所得，而是先扣抵相同稅率的交易所得。這樣的設計，是為了讓損益扣抵與原本依持有期間分級的稅率制度維持一致，避免不同稅率案件混合計算後，模糊各筆交易應適用的稅負。
當同稅率所得不足以扣抵時，才可以跨稅率扣抵，且企業可選擇優先扣抵較高稅率案件。這代表制度在維持計算原則之外，也保留一定申報選擇空間；但選擇空間不等於可以忽略交易資料。每筆房地的取得時間、持有期間、收入、成本、費用、損失及適用稅率，都會影響最終扣抵結果。土地增值稅是否可列入成本費用，也有特定限制，不能以直覺方式一概處理。
一般人若是企業負責申報或協助管理交易資料，應特別注意多筆交易的損益與稅率分類，並確認損失扣抵順序。當年度未扣完的損失，雖可自次年起十年內扣抵房地交易所得，但仍須在制度規定的範圍內使用。及早整理資料、清楚區分各筆交易，才能降低多繳稅或申報錯誤的風險。